Em 22/3/1872, sendo Provedor o Dr. Pedro Pereira de Sousa e Brito até ao dia da eleição (dois de Julho) e Escrivão Narciso Marçal Durães de Faria, fala-se pela primeira vez na necessidade de construir um novo hospital. E no ano seguinte, na Mesa presidida pelo Provedor Dr. Gaspar de Azevedo de Araújo e Gama, já existe um projecto para o novo hospital com o esboço feito pelo Dr. António Augusto da Costa Simões, lente de medicina em Coimbra e Director do Hospital da Universidade. Mas com o parecer dos facultativos (médicos) vai ser modificado pelo sr. Lima, do Vale.

Em 14/12/1873 reuniu a assembleia geral para a aprovação do projecto, com a presença de 83 irmãos. Mas nem todos, talvez a maioria, deu parecer favorável. E em Novembro de 1879 o irmão Henrique Cândido Pereira de Araújo, apresentou um novo projecto, da sua autoria, mas com um orçamento que vai além de 30 contos. Este foi discutido nas reuniões de 2/11/1879, de 26/1/1880 e definitivamente aprovado. E no 1.º de Maio de 1880 já se marcou no terreno a orientação do novo hospital na Quinta da Tomada. Começou o corte da pedra para a obra em Pedrouços (Távora-S. Vicente) e na Falperra sobre a orientação do mestre José Maria de Lima com o mesmo ordenado que ganhava nos trabalhos da construção da nova ponte.

O terreno escolhido pelos facultativos (médicos) Drs. António Alves Pereira e Belezário Teixeira de Sampaio, havia sido compra do por 2.800 000 reis a D. Camila Rosa Gomes da Cruz, por escritura de 24/4/1879, mas já havia promessa de compra e venda desde 5/2/1874, para garantir o local que “é muito airoso, saudável e com lindo panorama sobre parte da vila e do rio.”

Mas ao começar a obra diz-se que o movimento do hospital não será superior a 30 doentes.

E assim resolveram fazer uma nova planta que até pode ser a existente já aprovada, “mas só com o primeiro pavimento, embora a parte central fique semelhante à antiga para haver uma boa e decente sala para receber qualquer pessoa de alta categoria e para nela se conservarem os retratos dos benfeitores.”

Este foi inaugurado em 19 de Abril de 1885, tendo estado em funcionamento até 1984. Em 1996, foi apresentada uma candidatura ao Programa Integrar para a recuperação do antigo Hospital de S. José, que se encontrava devoluto de 1984. O Centro Comunitário de S. José foi inaugurado em 2000 e entraram em funcionamento as áreas de apoio domiciliário, centro de convívio, formação profissional e programas de desenvolvimento social. Em 2009, o Hospital de S. José retomou as suas funções na área da prestação de cuidados de saúde, com o serviço de imagiologia (TAC, RX, ecografia e mamografia) e as consultas de especialidade e clínica geral.