Em "Portugal Monumental" acerca da Igreja da Misericórdia, lê-se apenas o seguinte: "as sucesivas alterações sofridas por esta Igreja tiraram-lhe a unidade estilística. Originariamente o monumento apresentaria formas maneiristas, dado que a Confraria da Misericórdia de Arcos de Valdevez se criou em 1595. Em 1710, porém o templo experimentou uma total remodelação".

Pelos documentos sabemos que a construção deve ter começado já em 1595 ou pouco depois, porque o primeiro cadáver aí foi sepultado em 29-06-1597 e diz-se "na Igreja nova". Talvez ainda em construção num terreno adquirido a Francisco Anes, o Carrapiço e sua mulher, localizado na parte de trás da Capela da Misericórdia, onde já funcionava o albergue e o primeiro hospital.

O terreno tinha um pardieiro e um curral e custou 50.000 mil réis e rendia 25 alqueires de pão meado.

E quando se fez a primeira eleição para a Mesa Administrativa em 02-07-1597, diz-se que a Igreja ainda está em construção "com pedra vinda de Requeijo". Em 13 de Junho de 1597 o Abade de S. Paio, Amador da Costa, certifica que o templo está decente para nele celebrar missa. A licença foi concedida pelo Arcebispo de Braga, Frei Agostinho de Jesus, em 15-07-1597, mas a primeira Missa foi celebrada antes em 2 de Julho, dia da Visitação de Nossa Senhora.

Havia muito entusiasmo pela Santa Casa e os Provedores davam o exemplo: em 1625 o Provedor Belchior Aranha de Brito mandou fazer o retábulo novo, pintar o painel e grade; em 1627 o Abade de Proselo deu para a Igreja 12.000 reis; em 1634 o Provedor António de Magalhães doou o azulejo no valor de 90.000 reis e composto por 960 peças; em 1644 o Provedor Francisco Araújo Vasconcelos mandou fazer o coro e grades e fazer na parede do coro um cofre com três chaves; em 1646, o Provedor Abade de Souto, Gaspar Barbosa de Araújo deu 40.000 reis para o pálio.

Em 1710 (115 anos depois) fez-se a reconstrução da frontaria (frontispício) da sacristia que ameaçava ruínas e em 1773 fez-se o projecto para a nova frente da Igreja (frontispício) que foi executado em 1734, com diversas modificações ficando o edifício com decoração barroca. O nicho de N.ª S.ª da Porta, ficou colocado "num pequeno retábulo de talha joanina" e sobre a varanda do altar colocaram o brasão das armas de Portugal.

Lê-se ainda no livro de contas que em 1781 resolveram substituir a tribuna antiga por uma nova, mas só em 1784 é que foi aprovado o risco e entregue a obra e em 1791 forrou-se o corpo da Igreja. Em 1747 fala-se no douramento das sanefas e pintura do tecto e da tribuna.

Em 1797 fez-se novo altar de Nossa Senhora da Humildade, obra entregue a Álvaro José Pereira de Faria, da cidade de Braga e por escritura feita no notário dos Arcos, Bento Luis Pereira Dias em 14 de Março 1797. O documento original encontra-se no Arquivo Distrital de Viana do Castelo. Foram ortorgantes: 1, Álvaro José Pereira de Faria, mestre escultor da cidade de Braga, representado na escritura pelo bastante Procurador Padre Bartolomeu de Araújo Correia, da freguesia de Giela. A escritura tem a data de 11/03/1797; 2, Luis António Pereira, da Praça da Vila dos Arcos, procurador neste acto do Provedor e Irmãos da Santa Casa da Misericórdia dos Arcos. A obra foi justa por 100 mil réis, em três pagamentos.